डॉक्टर कफ़ील ख़ान का जन्म गोरखपुर, उत्तर प्रदेश में हुआ था। उन्होंने कस्तूरबा मेडिकल कॉलेज, मणिपाल, कर्नाटक से पीडियाट्रिक्स में एमबीबीएस और एमडी की पढ़ाई पूरी करने के बाद, गंगटोक में सिक्किम मणिपाल इंस्टीट्यूट ऑफ़ मेडिकल साइंसेज़ में सहायक प्रोफ़ेसर के रूप में काम किया। उसके बाद गोरखपुर के बाबा राघव दास मेडिकल कॉलेज में बतौर लेक्चरर नियुक्त हो गए। अगस्त 2017 के चिकित्सा संकट के बाद बीआरडी मेडिकल कॉलेज के नेहरू अस्पताल से निलंबित किए जाने और उसके बाद गोरखपुर जेल से रिहा होने के बाद से डॉ॰ ख़ान, अपनी टीम और आम नागरिकों के सहयोग के साथ ‘डॉ॰ कफ़ील ख़ान मिशन स्माइल फ़ाउंडेशन’ के बैनर तले काम कर रहे हैं। जनवरी 2020 में डॉ॰ कफ़ील ख़ान को फिर से गिरफ़्तार किया गया और अलीगढ़ मुस्लिम विश्वविद्यालय में उनके कथित भड़काऊ भाषण के लिए राष्ट्रीय सुरक्षा अधिनियम (NSA) के तहत आरोप लगाया गया; बाद में उन्होंने सात महीने जेल में बिताए। 1 सितंबर 2020 को इलाहाबाद उच्च न्यायालय द्वारा एनएसए के तहत लगाए गए सभी आरोप हटा दिए गए। डॉ॰ कफ़ील ख़ान को बीआरडी मेडिकल कॉलेज द्वारा 9 नवंबर 2021 को नौकरी से निकाल दिया गया था, और दिसंबर 2021 तक, उनके ख़िलाफ़ निचली अदालतों में मामले चलते रहे, हालाँकि राज्य और केंद्र सरकारों द्वारा की गई जाँच में उनके ख़िलाफ़ चिकित्सकीय लापरवाही या भ्रष्टाचार का कोई सुबुत नहीं मिला था।